水利部中国科学院水利工程生态研究所机构设置
水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室(以下简称实验室)是经水利部批准成立的部级重点实验室(水国科2011677号)，依托水利部中国科学院水利工程生态研究所。针对水利发展需求，实验室重点开展水利水电工程建设中生态环境问题及相关缓解措施的基础和应用研究，旨在揭示水利工程对自然水文过程和生态后效的影响，构建河湖健康与生态安全评价体系，探索受损生态系统恢复重建对策， 发展生态水利和水生态修复新途径，建立水生态规划和生态系统管理理论技术体系，为我国水利科技可持续发展提供理论、技术和人才支撑。
到2014，实验室有固定人员30人(含双聘专家2人)，其中正高级职称13人；副高级职称8人；中级职称9人。嘉宾26人，其中高级职称15人，副高级职称9人，中级职称2人。在编人员中，国家杰出青年基金获得者1人，中科院“百人计划”引进人才2人，国务院政府特殊津贴获得者3人。曾在国际学术组织工作，担任国际期刊主编或编委14次。实验室目前承担省部级以上科研项目63项，其中国家自然科学基金资助项目17项，水利部公益性行业科研专项资金项目3项，科技部国家科技支撑计划项目和课题1项，总经费5546万元。2011结束以来，以实验室为产权单位，在国内外重要期刊上发表学术论文42篇，其中13篇被SCI收录；国家授权专利5项。这个实验室已经设立了一个开放式基金。目前计划资助第一批项目，基金50万元。(统计截至2012.12.27)办公室(人事部)
职责:协助领导机构制定并实施全办规章制度，组织制定与本部门职能相关的管理制度，协助领导机构组织的办公会议、年终工作会议等行政会议并监督会议的相关决议；负责人事档案管理、员工培训、工资审核与调整、单位职工社会保险管理、专业技术人员资格评审与报批、岗位聘用与考核；负责本所的信访、国家安全、保密、保卫和安全生产工作，根据本所授权，负责组织本所的政府信息和对外宣传管理工作。
党委办公室(监察审计局)
职责:协助院党委制定党务、纪检监察管理制度，并监督实施；负责组织宣传学习，监督党的路线方针政策和上级党组织决议决定的执行，组织党委的各种会议、学习和重要活动；负责党风廉政建设，管理党员，督促党员履行义务，保证党员权利不受侵犯，监督党员。
科研计划办公室
职责:协助院领导制定院中长期发展规划和科研相关管理制度；组织科研计划的编制和科研项目的申报，负责研究所科研工作年度报告的编写；负责组织科研外事计划、学术交流和科普宣传，中国水利学会水工程生态论坛和水生态专业委员会的日常工作，管理研究所参加相关学术团体的活动。
金融资产办公室
职责:根据国家金融政策和上级有关规定，协助院领导研究确定合理的经济运行方式；负责组织编制本单位年度预算、决算和年度支出计划，并监督控制预算和计划的执行。水生生物实验室(水生生态评估办公室)
主要开展水生态监测、水生态评价和水生态保护研究、相关规划和示范以及新技术推广。针对目前存在的水生态问题，主要利用水生生物来诊断河流、湖泊、水库的健康状况。通过研究生态系统的食物网结构，提出河流、湖泊和水库健康的技术指标和生态预警对策，为国家实施可持续发展战略提供理论和技术支持。
保育生物学实验室(濒危物种及资源保护科)
以受水利工程影响的关键或典型水域生境为研究范围，以在生态系统结构和功能中占据关键生态位的重要水生生物物种为研究对象，开展自然和工程胁迫背景下重要水生生物多样性的保护、维持和可持续利用研究。具体研究方向为:(1)分子生态学及重要水生生物的监测与评价；(2)生物多样性与水产种质资源保护；(3)水库生态与生物资源利用；(4)鱼类育种和遗传资源利用。
应用生态实验室(水生态保护与修复部)
致力于运用生态学和工程学的原理和技术，研究解决我国面临的水环境污染和水生态退化问题，维护区域生态的可持续发展。关注重点地区的生态环境问题，协调社会经济发展特别是水资源开发利用与流域生态环境保护的关系，提出有针对性的生态环境保护建设规划和管理对策；研究湿地和水生态系统退化的原因，发展湿地生态修复、水污染控制和水华控制等关键技术，恢复和重建良性生态系统；开展生态调查和监测，建立适合我国水环境特点的生物预警技术，建立生态系统健康评价的生物指标评价体系；发展水库规模化健康养殖、有机渔业等关键技术，协调渔业发展与环境保护的矛盾，促进渔业可持续发展。有四个学科组:生态规划、恢复生态学、水污染防治和水华控制。到2014，共有研究人员16人，其中高级职称8人；博士学位6人，硕士学位6人。
生态水文实验室(水生态规划与调控处)
本文主要围绕水利工程建设对内陆水生态系统的影响机理及减缓对策开展基础和应用基础研究。本文以鱼类生态学和水文水力学的理论与实践为基础，以鱼类和鱼类集合为对象，通过生态学和水文学知识的整合，研究水生态系统的变化规律和驱动因素，以实现水生态系统服务功能的最大化和可持续利用，实现水生态系统的适应性管理。* * *承担项目和任务70余项，初步形成学科方向明确、具备相关基础能力的研究团队。到2014，研究室共有研究人员25人，其中高级职称3人，中级职称13人，初级职称9人。有鱼类训练实验室和鱼类行为实验室；便携式科学回声探测仪EY60、多波束剖面测速仪、多功能水质分析仪、便携式显微成像分析系统等野外调查设备相继加入。信息中心
职责:负责《水生态》杂志的编辑出版及相关工作；负责本所图书、杂志、文件和资料的编辑、阅读和收集；负责研究院信息化建设规划和实施的技术支持，以及网络和通信系统的维护和管理。
实验中心(水生态监测中心)
职责:负责该院科研项目中水生态监测样品的检测分析，提交检测数据或分析报告；参与协调水生态监测与测试相关项目的实地调查任务，协助完善采样设计(确定采样点布局、采样频率和采样方法)，制定年度和季度调查工作计划；承担水利部和长江委水生态监测网的规划建设任务。
生态技术工程中心
职责:在系统研究水工程建设和运行生态效应的基础上，预测和评价水工程对水生态的影响，研究和整合水生态保护最新成果，制定水生态保护规划，设计、建设和运行水生态保护工程，通过试验研究、技术论证、技术咨询和技术指导，为水工程建设和管理单位及政府决策提供技术支持。