如何提高NGS制样的成功率
经过几年的高速发展，新一代测序仪终于慢了下来。如今，样品制备已经成为NGS的一个新亮点。新的试剂和仪器不断出现，以缩短时间和提高通量。与此同时，不断开发新方法来处理更少的样品，如单细胞。这次，Biolink将带您去NGS样品制备中心，看看有哪些新工具可以帮助我们应对样品制备的挑战。
即使有各种试剂盒，NGS样品制备仍然是一个痛苦的过程，既费时又费力。对于一个高通量的实验室来说，那种辛苦，哎，你懂的。于是，人们把目光投向了那些高端大气上档次的自动制备平台。这些仪器不仅可以将我们从繁琐的手工操作中解救出来，还可以减少人为错误。所以虽然价格高，但是很值得。
目前市场上已经有很多公司推出了自动化样品制备平台，包括贝克曼库尔特和珀金埃尔默(卡尺)。当然，音序器厂商也不甘落后，纷纷推出了自己的配套平台。今年2月，Illumina在AGBT会议上发布了key-press NeoPrep库准备系统。
贝克曼·库尔特
贝克曼库尔特的NGS文库制备解决方案包括Spriworks片段文库系统I-III，分别适用于Illumina基因组分析仪、罗氏GS FLX和Life Tech SOLiD系统。此外，它还引入了高通的SPRIworks HT系统，适用于Illumina的NGS平台。
SPRIworks System I-III是一项基于专利的固相可逆固定化(SPRI)技术，可在4-5小时内完成多达10个样品的文库制备。该系统由三部分组成:SPRI-TE核酸提取器、用于控制液体处理的方法卡和包含制备文库所需的所有试剂的试剂盒。实验所需的所有试剂、吸头和试管都提供了，所以您只需要准备样品和接头。SPRIworks系统自动完成样品制备的四个关键步骤:末端修复、加尾、接头连接、大小选择和纯化，无需柱纯化和凝胶电泳。
SPRIworks HT系统基于贝克曼库尔特的Biomek？FXP实验室自动化工作站。它不仅具有与SPRIworks I-III相同的功能，还可以实现PCR体系的建立、纯化、标准化和样品合并。当然，通过各种可选配件，还可以实现DNA剪切和PCR。在不到6个小时的时间里，它可以处理96个样本，如果消除大小选择，它只需要3个小时。大小选择也有几种:150-350 bp，250-450 bp，350-700 bp。SPRIworks HT采用了图形用户界面，使用起来相当简单。
珀金埃尔默(卡尺)
Caliper一直是芯片实验室技术的领导者，在自动化领域拥有丰富的经验。近年来，它还在NGS上下游推出了许多创新产品。2011年9月，Caliper被PerkinElmer收购，去年他们联手推出了NGS快车。工作站。
这是一个小巧灵活易用的文库制备系统，适用于桌面测序仪，如Ion Torrent PGM？以及Illumina的MiSeq系统。该产品配有一套完整的NGS样品制备应用程序包，已经过实践检验。因此，即使是新手用户也可以轻松获得稳定、高质量的文库进行测序，从而保证测序数据的质量。当然，有经验的用户也可以修改预设的应用程序，以满足个人需求。
NGS快递的应用程序配有图形化的操作界面和分步设置向导，通过图文结合的方式向用户展示了从选择应用程序、确认样品数量、放置实验产品等最直观的指导。系统通量灵活，每批可处理1-24个样本，保证了按需检验和最短的实验周期。
同时，PerkinElmer还开发了Sciclone NGS工作站，适用于HiSeq等高通量测序平台。该仪器可实现文库制备、序列捕获和标准化，适用于mRNA-Seq、芯片-Seq等应用。每次运行可以处理8-96个样品，因此每周可以制备480个文库，或者可以捕获192个外显子。此外，珀金埃尔默还提供最具成本效益的泽法NGS工作站、后PCR工作站、LabChip DS和LabChip GX，用于核酸的定量和质量控制。
因美纳
在今年的AGBT大会上，Illumina还发布了NeoPrep文库制备系统。据Illumina网站介绍，该仪器采用数字微流控技术实现按键文库制备。可以明显简化TruSeq和Nextera库的准备过程。更少的步骤，更少的出错机会，这意味着更多的可重复性。
NeoPrep还可以与Illumina的基因组计算环境BaseSpace集成，提供从样品制备到测序再到分析的无缝流程。NeoPrep每次运行可以带来16个准备测序的文库，一些样品低至1 ng。第一批NeoPrep试剂盒将是TruSeq PCR-free和TruSeq Nano，随后是其他TruSeq和Nextera试剂盒。这种乐器预计将于今年夏天上市。
当然，新产品还在上市。在AGBT会议上，GenCell Biosystems还推出了完全集成和自动化的桌面文库制备系统CLiC LP？。据介绍，这款仪器采用了GenCell的复合液体电池(CLC)技术，通过将所有反应密封在油中来模拟自然细胞结构，从而节省了塑料耗材，节省了时间和成本。在不久的将来，我相信我们会有更多更好的选择。