以公司的名义申请专利

2.个人申请属于个人，与公司无关，职务发明由个人申请容易引起专利权属纠纷；公司申请的权益归公司所有，不存在权属纠纷。在高新技术企业的认定和公司上市方面相对容易操作。

3.申请人或者专利权人为个人的，可以请求缓缴发明专利申请的申请费、审查费和年费的85%以及发明专利申请的维持费和复审费的80%。申请人或者专利权人以单位为单位，两个以上个人或者个人和单位同时申请专利的，可以请求缓缴发明专利申请的申请费、审查费和年费的70%，发明专利申请的维持费和复审费的60%。

4.个人申请可以享受减免，部分有所在区政府资助；公司在某些领域可以享受政府补贴、优惠评审、申报高新技术企业、专利质押等。

从成本上看，似乎个人申请更好，但如果是针对企业，长远来看还是以公司名义申请更好。