孔令东是南京大学的教授。

1985-1996在南京中医学院工作期间，参与完成了卫生部药典委员会委托的1项目，国家八五科技攻关项目2项，江苏省省级项目3项。完成江苏省科技成果鉴定项目3项。1996 10作为第二完成人，于1997年获得国家中医药管理局八五重大科技成果和中医药科技进步二等奖。1996 12作为第三完成人获得江苏省教委科技进步二等奖。

65438-0996在南京大学工作期间，承担和参与了10多项科研项目。1998负责完成一项中国博士后科学基金。2000年作为第二主持人完成科技部中药现代化与产业化重点研究项目和省自然基金项目。2002-2003年负责完成教育部首批高校骨干教师资助项目和江苏省国家自然科学基金项目1项。1999和2003年江苏省自然科学基金以优异成绩结束。分别作为1、1、2、6完成人完成江苏省科技成果鉴定项目4项。在中国申请药物新用途相关专利5项。现承担国家自然科学基金项目2项，江苏省自然科学基金项目1项。

南京大学生命科学学院教授、博士生导师孔令东。中国植物学会植物化学与资源科学专业委员会委员。

科研工作主要集中在中药抗抑郁、中药抗痛风、中药炮制、中药制剂、中药指纹图谱研究等方面。先后主持国家自然科学基金3项，教育部首批骨干教师资助计划1项，中国博士后科学基金1项，江苏省自然科学基金2项。作为主持人之一，主持了科技部1中药现代化与产业化重点项目。此外，他还主要参与完成了两项国家“八五”科技重点项目和另外四项省部级项目。作为第1号、第1号、第2号、第3号、第6号完成人，分别完成江苏省科技成果鉴定5项。作为第一发明人，他已被授予1项专利。作为子项目的第二完成人，获得“八五”国家科技攻关重要科技成果，国家中医药管理局中医药科技进步二等奖。作为第三完成人获得江苏省教委科技进步二等奖。