捏造专利说明书违法吗？

这么说吧。在你和公司的纠纷中谁去申请专利，那么你可以要求法院做出裁定，确认谁是真正的权利人。

如果公司在确认之前已经申请了专利，可以在取得法院判决书后，要求国家知识产权局变更专利申请人，并将判决书作为证据。