甲公司以账面价值350万元的厂房和654.38+0.5万元的专利权换取乙公司账面价值300万元的在建房屋和654.38+0.0万元的长期股权。

第六条同时不符合本准则第三条规定条件的非货币性资产交换(以公允价值计量)，以交换资产的账面价值和应支付的相关税费作为交换资产的成本，不确认损益。

因此，账面价值为300万元的在建房屋和654.38+0万元的长期投资，应记作交换资产的账面价值作为成本，即合计为3.5+654.38+0.50 = 500万元。

第九条多项资产同时交换为非货币性资产的，在确定交换资产的成本时，应当分别下列情况处理:

...

(2)非货币性资产交换不具有商业实质，或者虽具有商业实质，但交换资产的公允价值不能可靠计量的，应当按照每项资产的账面原值占交换资产账面原值总额的比例分配交换资产的总成本，确定每项交换资产的成本。

因此，超出部分654.38+0.00万元应按在建房屋和长期股权投资账面原值合计的比例进行分配。

因此，在建房屋的分配为:100 *[300/(300+100)]= 75万。

在建房屋的入账价值为:300+75 = 75万元。