出厂合格证可以作为标书评分标准吗？

是的，这是法律的漏洞，指定任何专利都不违法。很明显，招标人意向的厂商获得了专利，比其他厂商有优势，加分较多，作为评分项是可以的。财政部令第87号:第十七条采购人、采购代理机构不得将投标人的注册资本、总资产、营业收入、从业人员、利润、纳税等规模条件作为资格要求或者评审因素，不得将进口货物以外的生产厂商的授权、承诺、认证、背书作为资格要求，对投标人实行差别待遇或者歧视待遇。