专利独占许可应当在专利授权之日起三个月后提出申请。它的补充说明怎么写？

这不重要。规定“合同生效后三个月内备案”，但没有说超过三个月不备案会怎么样。

这种情况下，情况的描述可以随便写，比如生效后，还有一些具体事项双方没有敲定，细节敲定已经三个多月了。