专利申请人写的是个人，但是开发票的时候可以开公司名称的发票吗？还是必须是申请人的名字？

首先，你的申请有问题。如果发明人是利用单位的条件作出的发明，属于职务发明，发明人可以是个人，但必要时申请人需要单位，则授权给单位；

如果是自己用自己的资源做的，权利完全属于自己，也可以用公司的名义开发票。这种情况需要事先有约定，即公司授权个人申请，放弃专利所有权。