专利代理机构撤案了,是不是意味着合同结束

不是。如果与该专利代理机构签订了合同，合同中规定的其他事项可能仍然有效，例如代理机构已经完成的工作、支付的费用、保密协议等，专利代理机构撤案指的是在代理申请专利的过程中，因为某种原因，代理机构撤销了专利申请。