发明专利，该怎么办？

1.如果这项发明被认定为职务发明，专利权人和专利权人就是你公司。换句话说，这个专利是属于你公司的，你是在做你的工作，为这个发明专利做贡献。单位应给予奖励。

这种情况下，3000元应该给你，900元不能扣，专利管理费也不应该扣，因为专利是公司的专利。不仅如此，如果公司实施了这项发明专利，你还可以获得税后利润总额的2%。如果公司许可他人使用这项专利，你也应该获得扣除税费后许可费的10%的经济收益。

2.如果这个专利属于非职务发明专利，那么这个专利属于你个人。你申请了专利之后，你就是专利权人。一个公司要实施专利，需要得到专利权人的许可，也就是你。这种情况下，单位不需要给你发奖金。你给多少钱就赚多少。

从你说的情况来看，这个专利应该属于前者，也就是专利权人是你们公司。那么，900元和600元都不应该扣。可以找单位领导追回来。如果单位拒绝，可以尝试向劳动仲裁委员会申请仲裁。如果仲裁委不服，可以向其索要驳回通知书，然后直接向人民法院提起诉讼，依法维护自己的合法权益。