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第一，性质不同

1.花色苷是自然界中广泛存在于植物中的一种水溶性天然色素，是花色苷水解得到的苷元。

2.原花色素是广泛存在于植物中的一大类多酚化合物的总称。

第二，角色不同

1.花青素:一种活性分子，不仅使植物呈现五彩缤纷的颜色，还具有降低酶活性、抗突变等保健功能；既可作为食品中的营养强化剂，也可作为食品防腐剂替代苯甲酸等合成防腐剂，还可作为食品着色剂用于普通饮料和食品中，满足了人们对食品添加剂天然、安全、健康的普遍要求。

2.原花青素:具有较强的抗氧化和自由基清除作用，能有效清除超氧阴离子自由基和羟基自由基，参与磷酸和花生四烯酸的代谢和蛋白质磷酸化，保护脂质免受过氧化物损伤；是一种强有力的金属螯合剂，能在体内形成惰性化合物；保护和稳定维生素C有助于维生素C的吸收和利用。

第三，来源不同

1.花色苷广泛分布于开花植物(被子植物)中，其在植物中的含量因品种、季节、气候和成熟度的不同而差异很大。

2.原花色素:存在于许多植物的皮、壳、种子、核、花和叶子中。

百度百科-花青素

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