如何申请可以和硬件结合的软件专利？

可以先和软件公司签个合同。一般来说，专利权是属于你的，但不能保证合同中有什么特殊条款会侵犯你的权利。

还有你说的可以和硬件结合的软件是什么意思？

看你后面的描述，应该是个软件。软件可以通过软件注册进行保护，同时可以通过一定的方法申请专利保护，但是技术要求比较高。建议你找专业的专利局。