南京市科学技术委员会内设机构
政府事务的综合协调；负责重要文件起草、重要会议组织、政务信息、督查、报文处理、文秘事务、科技宣传、文件档案管理、保密、信访、机关信息化等工作；牵头组织代表建议和CPPCC委员提案；负责机关规章制度的制定和实施以及机关实物资产和行政后勤的管理；协调和指导区县科技工作和直属单位的日常行政事务；负责科技拥军和市国防动员委员会科技动员办公室的日常工作。
办公室负责人:刘启祥
(2)政策法规司(综合改革协调司)
拟定全市科技发展和南京科技体制综合改革试点城市建设的政策措施、总体规划和专项规划；负责统筹科技体制综合改革中的政策实施、联络协调等日常工作；起草相关地方性法规草案；负责管理全市软科学研究；牵头组织调研工作；指导和协调科技兴县(区)工作；牵头科普工作，承担市科普工作联席会议办公室的具体工作；负责依法行政。
办公室负责人:曾轩
(3)计划财务室
组织制定全市科技发展规划和年度计划；制定构建科技投融资体系、增加科技投入的政策措施；负责编制归口管理的全市科技经费预算和决算，并对经费的使用和管理进行监督检查；负责制定科技经费的财务管理制度；负责机关财务管理，编制机关及直属事业单位基建计划；牵头组织对口帮扶城市科技合作交流；负责科技统计的监测和分析。
办公室负责人:李伟
(4)科技条件与服务部门
拟订全市科技基础设施建设的规划和政策；编制并组织实施科技基础条件平台建设规划和科技服务业发展规划；负责市级工程技术研究中心、科技公共服务平台和院士工作站的建立、管理和验收；制定促进技术市场发展的政策，指导技术合同的认定和登记工作；负责安排市级科研院所的科研经费；负责实验动物的管理；负责科技社团和科技类民办非企业单位登记前的审核。
办公室负责人:赵南
(5)高技术开发和产业化司
拟订全市高新技术发展和产业化的政策、措施和建议；负责产业技术创新战略联盟的建设；承担国家高新技术产业开发区的相关工作；组织实施国家、省、市高技术产业火炬计划、重大科技支撑计划、科技发展计划和技术创新基金项目；负责组织、协调、推荐和管理国家级和省级高新技术企业、创新型企业、高新技术产品和重点新产品；负责孵化器的管理和业务指导；会同* * *有关部门组织创新型企业、自主创新产品认定工作；组织实施高新技术改造提升传统产业的重大示范工程；民营科技工作的归口管理。
办公室负责人:姜
(6)科技成果与产学研合作部(综合改革推进部)
负责制定南京市科技体制综合改革试点城市建设年度工作计划，分解任务指标，指导协调重点事项推进，检查年度计划和任务完成情况；制定全市科技创新、产学研合作和科技成果转化的发展规划和政策，协助有关部门制定科技人才队伍建设规划；组织实施省市重大科技成果转化计划和科技人员创新创业计划；负责产学研重大合作项目和载体的组织实施；组织开展产学研合作展示、洽谈等国内科技合作与交流；负责国内高校、科研院所和地方科技合作的组织、协调和服务；组织推进创新平台建设；制定科技成果的登记、评估、鉴定、保密、推广和出口国家秘密技术的管理办法并组织实施；负责全市科学技术奖励工作。
办公室负责人:怀瑾
(7)城乡科技发展司
制定并实施全市农村和社会发展科技进步的规划、政策和措施；统筹城乡科技发展，引导农业、社会事业和涉农产业的科技进步；编制并组织实施社会事业科技进步专项规划；组织实施涉及资源环境、节能减排、医疗卫生、公共安全和可持续发展综合实验区的社会发展科技试点和示范工作；编制并组织实施市级农业科技研发和产业化计划；负责全市科教兴农工作的组织、协调、监督和检查；组织实施农村重大科技项目和星火计划项目；负责先进适用技术在农村的推广和科技试验示范；指导农业科技载体和农村科技服务体系建设；组织协调科技推广工作。
办公室负责人:李奇
(8)国际科技合作办公室
拟订国际科技合作与交流的相关政策和措施；编制并组织实施全市国际科技合作和对外交流计划；组织开展全市国际技术转移工作和南京国际科技顾问的聘任管理；开展涉及港澳台的科技合作与交流；承办对外科技合作与交流中有关团体和人员出国考察的评审工作；协助本市因公出国人员的会审。
办公室负责人:陈宜生
(9)知识产权综合管理办公室
起草全市知识产权地方性法规；制定并组织实施全市知识产权发展规划和计划；指导企事业单位的知识产权工作；负责全市知识产权人才的培养和宣传；组织重大专利技术的实施、应用和产业化；负责全市专利产业化基地的认定和管理；负责全市优秀专利奖的评审工作；管理全市专利信息网络；归口管理全市专利展示交易、无形资产评估、专利申请资助；负责全市专利统计和分析；负责对全市专利中介机构的业务指导；负责知识产权局会议的日常工作。
办公室负责人:柯樊菲
(10)知识产权行政执法处
编制全市专利行政执法规划和计划；负责全市专利行政执法工作；负责处理全市涉外专利案件，协调全市涉外知识产权事务；组织开展本市重点领域、重点行业、重大专项的知识产权保护和重大经济活动中的知识产权审查；负责大型展会知识产权的监管、咨询和保护；负责全市知识产权法律援助的指导和归口管理。
办公室负责人:付建
(十一)人事部门(离退休干部)
负责机关及直属单位的机构编制、干部人事、劳动工资、人事档案管理、干部培训和出国人员的审查；承担设在本委员会的工程技术和自然科学研究系列专业技术职务评委会的评审和组织工作；负责系统安全工作。负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。
办公室负责人:牟
(十二)机关党委
负责机关及直属单位党群工作。
办公室负责人:邵
(十三)派驻监察室
监察室是市纪委、市监察局派驻的履行纪检监察职能的机构。
办公室负责人:肖伟