PCT专利进入多个国家算一个专利还是多个专利?

你的理解基本正确,

PCT专利进入各个国家后会单独审查。

符合本国条件的,授予专利权。

每个国家都会给出自己的授权专利号。

这样,你就拥有了在三个国家有效的三项专利。