海关来我公司检查，把我公司的非贸易货款发过来。海关的意图是什么？

没有任何证据和保证，海关不太好去工厂查账。

就像网友说的，查查外汇的非贸易支付:

1.通过看你的凭证，你可以发现是否有正常贸易的部分。如果有，可以查一下有没有走私或者携带物品出境。

2.上面有订单，他们带你去凑数。[编号:30842]国家外汇管理局、海关总署关于进一步加强加工贸易结转售付汇及核销管理的通知(汇发[2006 54 38+0]64号)

3.第一次查专利费和商标使用费，就是查自己是否涉嫌侵权。这次和你没有直接联系。

还是那句话，问问自己，你的企业有没有问题。没问题，没什么好怕的。