中华人民共和国、专利局和知识产权局是什么关系?

其实是一个单位。

以前叫中华人民共和国专利局,现在叫中华人民共和国和国家知识产权局专利局。

因为商标和版权也属于知识产权领域,商标的主管部门是国家工商总局商标局,版权的主管部门是版权局。