如果我自己独立开发了一个系统，发现和别人的功能结构非常相似，如果这是侵权，可以申请版权吗？

如果软件确实是您原创并独立开发的，软件的功能和结构与他人相似，不影响您对软件行使著作权。所以这不是侵权，软件著作权可以自愿登记(注:软件著作权开发后自动受著作权法保护，不需要像专利权、商标权一样申请登记)。如果别人没有申请专利保护，你也可以为该软件申请专利保护(专利遵循申请在先原则)。