什么是梯度PCR？

对于一个PCR反应，虽然有各种PCR引物设计软件或者经验公式来计算最佳退火温度，但是由于模板中碱基的组合千变万化，经验公式得到的数据对于特殊的片段可能并不是“P”，稍有变化就可能对结果产生决定性的影响，所以“感受条件”一度很头疼。梯度PCR的出现部分解决了一些问题——反应过程中可以根据指定范围内的梯度改变各孔的温控条件，根据结果一步找到最合适的反应条件。不仅可以优化退火温度，还可以优化变性温度和延伸温度——这对于Invitrogen、Clontech和Promega等大多数高保真Taq酶的扩增非常重要，因为Taq和校正酶的最佳反应温度可能存在显著差异，因此优化延伸温度非常重要。在一台仪器上可以完成多个实验，不仅节省了实验时间，提高了效率，还节约了实验成本。对于具有梯度功能的PCR仪器，需要考虑梯度模式下不同梯度管之间的温度均匀性和准确性，以及仪器在梯度模式和标准模式下是否具有相同的温度特性。这种差异可能导致在梯度模式中获得的最佳条件和单独在标准模式中获得的结果之间的差异。SteadySlope技术是eppendorf拥有的梯度PCR技术专利，可以以相同的温度变化率达到所有设定的梯度温度，因此在梯度模式下具有恒温性。该技术保证了梯度模式和正常模式之间可靠的信息传递，不会因温度特性不同而导致产量和特异性的变化。MJ选择在梯度模式下使用不同的冷却速率，不需要支付专利费，每个梯度温度之间的温度曲线也不一样，所以从梯度模式切换到正常模式可能会有问题。此外，采用TCT(三环)技术的梯度PCR仪在梯度PCR模式下增加了加热和冷却控制区，保证了梯度控温的准确性，使不同梯度管之间的温度均匀性更好。在PCR仪上增加原位PCR模块，可以在载玻片上进行原位PCR扩增。MJ和eppendorf PCR仪器都提供原位适配器，以满足不同的需求。对于从事医学研究的工作者来说，购买一台配备了支持原位PCR的模块的PCR仪是值得的。另外，随着基因组高通数量研究的需求越来越大，各个品牌都推出了多通道高通数量PCR仪，各有特长:MJ有一种一拖四，就是1主机，有四个扩增槽，每个槽可以独立控温，一次可以PCR 96 x4个样本，但是一旦出现问题，四个都不能用。在原有9700的基础上，ABI推出了双384孔基座，一次可以完成384x2个样品，使9700的功能可以扩展到高通测量领域，而无需购买新的机器。可惜两个384罐不能独立控温。