染色质交联后还能保存吗？

染色质可以在交联后保留下来。染色质构象捕获技术(3C和Hi-C)及其衍生技术(DNase Hi-C和Micro-C)在不同的水平和分辨率下寻找和分析染色体的折叠形式。现有的染色质构象捕获技术依靠甲醛交联蛋白和DNA，通过限制性内切酶或DNase，Mnase切割DNA，然后重新连接空间相邻的DNA。将重新连接的DNA文库通过高通量测序，分析比较其来源，绘制染色质相互作用图。通过这个交叉图，人们发现了染色体折叠形成的许多结构，包括染色质环1、染色质结构条带、染色质结构域、拓扑结构结构域2和活动与非活动区室3。但交联DNA和蛋白质与甲醛的反应是可逆的，交联产物不稳定。此外，与DNA交联的蛋白质可能会阻止限制性内切酶在空间中识别DNA，从而导致对DNA的不完全限制。因此，在不同的细胞中，连接位点会有所不同，这大大增加了异质性，从而增加了染色质交叉图上的“背景”，影响了对染色质结构的正确分析。此外，与限制性内切酶相比，DNase和MNase可以将DNA切割成更小的片段，因此基于DNase和MNase的衍生技术DNase Hi-C和Micro-C可以大大提高染色质交叉图谱的分辨率。但是由于DNA和蛋白质仍然是通过甲醛交联的，DNA酶和MNase会更倾向于切割开染色质区域。所以观察到的染色体结构也会有偏差。