被否定的发明、发现、发明家
哥白尼为什么犹豫要不要出版这本书？原因是他害怕教会对这种新兴科学理论的迫害。
早在哥白尼在义大利生活的时候，教皇亚历山大六世就重新颂扬“神谕”，禁止出版未经教会审查的书籍，所有可疑的书籍都被焚毁。
哥白尼在1506年从义大利回来的时候，亲眼目睹了宗教裁判所对胡俟分子的血腥镇压，很多阴谋聚在一起的人被抓起来活活烧死。在哥白尼的一生中，波兰至少有300次宗教审判活动。哥白尼经常受到威胁和迫害。在瓦尔米亚教区，他是弗隆堡大教堂的修士，在他的叔叔大主教武卡什去世后，几任大主教多次禁止邪教，并对修士们保持严格的监视。他们认为哥白尼是一个“叛教者”。直到去世，身边都是上级安排的间谍和探子。
迫害哥白尼的主要人物是波兹南的宗教裁判官杜霍兹·乌施(Duhoz Usch)，他是一个焚烧书籍的狂热分子，后来被提升为波兰大主教。他甚至视哥白尼的亲友为眼中钉，随意迫害他们，包括修士亚历山大·斯古尔捷和管家安娜。
虽然他是一名僧侣，但Skelter信奉无神论。他自己不做圣事，还嘲笑别人做圣事。他非常钦佩哥白尼，他们很快成为知心朋友。这引起了霍尔茨武什和新主教扬·丹提塞克的怀疑。丹提塞克是个非常阴险的家伙。他看到如果《行动》出版，他所维护的神学殿堂将会分崩离析。于是，丹提塞克开始一步步向哥白尼推进。他首先希望哥白尼断绝与斯凯尔特的联系，但哥白尼严词拒绝。Skurtiet后来被罗马教廷逮捕。
很快，丹提塞克就以院长弗隆堡的信息为依据，强迫哥白尼和安娜脱离关系。哥白尼和安娜共同生活了近十年，感情深厚。哥白尼对丹蒂舍克的无理要求提出抗议，但丹蒂舍克说安娜已经让哥白尼“被赶出了他的头脑”，为了他的“灵魂得救”，他命令安娜立即搬出弗隆堡。哥白尼在悲痛和愤慨中，几次撕掉长袍，威胁要还俗。为了继续哥白尼的写作工作，安娜不情愿地离开了瞭望塔。不久，她再次被驱逐出境。
在此期间，梵蒂冈也对哥白尼的理论感到震惊。1533年，教皇克雷芒七世请人解释“太阳中心论”的基本原理。哥白尼学说的革命性内容震惊了教皇，他决定想办法控制哥白尼的手稿。1536年，一位红衣主教写信给哥白尼要一份手稿，哥白尼拒绝了。
此时，丹提塞克听说哥白尼收留了一个“邪教”，下令搜查修士们的住宅，看是否有“充满路德教毒素的书籍”。
积极支持哥白尼出版《运筹学》的，还有他的朋友铁德曼·吉喆，铁德曼是芙蓉堡的一名修士，很早就认识哥白尼，一直支持他的科研工作。后来，铁德曼被提升为柳瓦巴教区的主教。看到哥白尼的困境，他邀请哥白尼和莱提克到柳瓦巴的梵蒂冈访问，以便他们能集中精力敲定工作。丹提塞克随即威胁铁德曼，调查官霍兹乌什也表示在铁德曼的著作中发现了“荷兰邪教”，企图将他入罪。
此时，哥白尼的理论在社会上也引起了很多批评。新教徒(路德教徒)比老信徒更敌视哥白尼的理论。马丁·路德曾讽刺说:“这个傻瓜想推翻整个天文学！”《宗教宣言》的作者菲利普·梅兰切尔顿(Philip Melancholton)也指责哥白尼“不顾眼前的事实在做梦。”
厄尔布朗格市也发生了一场闹剧。它讽刺了一个自命不凡的天文学家，把自己的作品锁在柜子里胡说八道，最后被魔鬼装上马车，送进了地狱。这出戏当然是暗指哥白尼。原来哥白尼发表论文声明当时彗星的连续出现完全是自然现象，与人们的生活无关，得罪了教会，教会就采取这种卑鄙的伎俩公开侮辱哥白尼。
尽管环境险恶，哥白尼没有妥协。1541年，他终于下定决心印出自己的作品。
哥白尼把他几十年心血的结晶《手术》手稿交给了他的朋友铁德曼，柳瓦巴教区的主教，他又把手稿交给了莱蒂克。莱提克被邀请到碧溪大学任教，于是他把这本书的出版工作交给了他的朋友、纽伦堡的出版商奥塞·安德尔。奥塞·安德尔研究过天文学。在领袖梅董的授意下，篡改手稿，删除哥白尼学说的部分内容，试图使科学容纳当时社会的旧认识。
1543年5月24日，当这部巨著付印送到弗伦堡时，久病不愈的哥白尼正处于危险之中。医生索尔法把书放在被子上，哥白尼的手放在书上。哥白尼用他虚弱的手痉挛地抓住了书。哥白尼已经奄奄一息，一小时后他就去世了。
《奔跑吧》在世界上流传了300多年，遍体鳞伤。
直到19世纪中叶，在布拉格的一个私人图书馆里才发现了手术手稿。1873年，补充哥白尼原序的《天体运行论》出版，但仍未增加原子论一章。1953年《天体运行论》第四版出版时，对原有章节进行了全部补充。此时，哥白尼已经去世410年了。