我可以通过在线电子专利申请回复纸质信件吗?

不能

关于电子专利申请的规定

第七条申请人办理专利电子申请的各项手续时,应当以电子文件形式提交相关文件。除非另有说明,国家知识产权局不接受申请人以纸质形式提交的相关文件。不符合本款规定的,视为未提交相关文件。