专利代理人说不建议主动修改说明书有依据吗？

如果是在回复审查意见通知书的过程中，依据专利法实施细则第51条第三款。申请人在收到国务院专利行政部门发出的审查意见通知书后修改专利申请文件的，应当根据通知书指出的缺陷修改专利申请文件。

只能修改审查意见通知书中指出的缺陷，其他未指出的缺陷不能修改。