有一项新发明，由两家公司开发，但有一家公司申请了专利。对方公司还有这个专利的使用权吗？

我觉得是合作开发。那要看两家公司在开发初期拟定的合作合同里有没有规定申请专利的权利和专利的使用条款，如果有就照着做。

如果没有，根据专利法的规定，双方应当共同申请专利(《专利法》第八条)。

如果事实上合同中没有规定，其中一个单位又申请了专利，另一个单位可以提起专利权属纠纷。